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新干线超进化研究所为了从诞生于漆黑新干线的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了新干线变形机器人SHINKALION。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟漆黑新干线的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！

故事围绕一个圣诞节蛋糕展开，讲述了战争年代天主教女子学院里人性的纯真、贪婪和幻想。pupil一词来源于拉丁语pupilla，即小女孩。